《肝硬化中人体肠道菌群的变化》

肝硬化在世界范围内普遍存在，许多慢性肝病最后会发展为肝硬化。本文通过对98例肝硬化患者和83例健康对照者的比较，对肝硬化患者的肠道微生物群进行了描述，并建立了参考基因集。

取材：收集了中国汉族123例肝硬化患者和114个健康人粪便样本，其中实验阶段98个肝硬化患者及83 个健康人的粪便样本；验证阶段收集了 31个健康人和25个肝硬化患者的粪便样本。
测序：Illumina HiSeq2000测序平台（PE100），平均每个样本4.75GB数据量。
分析：数据质控、序列拼接组装、基因集构建、群落结构组成差异分析、基因丰度分析、MGS分析、组间功能和通路差异分析、疾病诊断模型建立。

◎建立肝硬化患者肠道菌群基因集,分析得到肝硬化患者与健康人的菌落结构存在显著差异，参与的信号
　通路也有差异。

图2. 肝硬化病人和健康人在不同分类水平上的物种丰度差异。
相对于健康人，在门、属、种水平上肝硬化病人丰度减少的物种（a）和丰度增加的物种（b）

◎ 通过聚类分析，寻找与肝硬化密切相关的细菌，共找到66个物种（MGS），其中38个细菌在健康人中富集，
　28个细菌在肝硬化病人中富集。

图3. 分别在肝硬化病人和健康人中富集的物种

◎基于mRMR方法寻找到15个高特异性和灵敏度较高的微生物基因标志物，建立了识别肝硬化病人的诊断模型
　（PDI），在验证阶段，经分析能够利用此模型有效鉴定肝硬化患者。

图4. 基于标记基因物建立疾病诊断模型，该模型能有效辨别肝硬化病人和健康人

肝硬化参考基因集包含269万个基因，36.1%是之前未公布的。通过与2型糖尿病和炎症性肠疾病基因集的比较，揭示了针对肝硬化病人基因和功能水平的生物标记物。找到一种只有15个基因构成生物标记物作为一个高精确的区分病人的指数。因此，微生物靶向生物标志物可能是一个用于诊断不同疾病的强有力工具。

Nan Q, Fengling Y, Ang L, et al. Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis. Nature.2014.